分離的原理是基于離子交換樹脂上可離解的離子與流動相中具有相同電荷的溶質離子之間進行的可逆交換和分析物溶質對交換劑親和力的差別而被分離。適用于親水性陰、陽離子的分離。

　　離子色譜儀的工作過程是：輸液泵將流動相以穩定的流速(或壓力)輸送至分析體系，在色譜柱之前通過進樣器將樣品導入，流動相將樣品帶入色譜柱，在色譜柱中各組分被分離，并依次隨流動相流至檢測器，抑制型離子色譜則在電導檢測器之前增加一個抑制系統，即用另一個高壓輸液泵將再生液輸送到抑制器，在抑制器中，流動相的背景電導被降低，然后將流出物導入電導檢測池，檢測到的信號送至數據系統記錄、處理或保存。

　　離子色譜儀工作原理：充分利用固定相與流動相間的交換作用，固定相中離子交換樹脂上可離解的離子與流動相中具有相同電荷的溶質離子在分離色譜柱中滯留時間長短不同，分析物溶質與交換劑之間親和力的差異性進行分離。

　　離子色譜儀測定常見陰離子效果比較好，比較適用于親水性陰、陽離子的分離。色譜儀便于檢測的常見陰離子包括：F-,Cl-,Br-,NO2-,PO43-,NO3-,SO42-等;

　　檢測的陽離子主要包括:Li+,Na+,NH4+,K+,Ca2+,Mg2+,Cu2+,Zn2+,Fe2+,Fe3+等。

　　離子色譜儀具有快速、高效、準確等優點，對于高濃度樣品的檢測，檢測結果不太理想，只有把高濃度樣品進行稀釋，然后再進行測定分析。而且離子色譜儀測定的范圍也比較有限，設備使用過程需要經常維護，才能確保其性能良好。